Cuando los primeros grupos humanos salieron de África hace decenas de miles de años y acabaron llegando a todos los continentes, no viajaban solos. Llevaban dentro billones de microorganismos: la comunidad de bacterias que vive en el intestino y que llamamos microbioma intestinal. Un trabajo publicado el 7 de octubre de 2026 en Nature aporta pruebas genéticas de que muchas de esas bacterias acompañaron a nuestra especie durante esas migraciones y se fueron diversificando a la par que sus anfitriones.

El estudio, titulado Prehistoric global migration of vanishing human gut microbes, lo dirigen Justin Sonnenburg y Benjamin Good, de la Universidad de Stanford. Este artículo es un resumen propio a partir de la nota de prensa difundida por Phys.org, no una traducción del paper.

Dos pueblos separados por un océano y miles de años

Los investigadores analizaron muestras de heces de dos poblaciones que mantienen modos de vida no industrializados. Por un lado, los hadza de Tanzania, uno de los pocos grupos cazadores-recolectores que quedan en el mundo. Por otro, los tsimane de la Amazonía boliviana, un pueblo indígena que combina la recolección con el cultivo de alimentos ricos en fibra. Como referencia, compararon sus microbiomas con el de personas que viven en California.

La técnica empleada fue la secuenciación metagenómica profunda: en lugar de buscar especies concretas, se lee todo el ADN presente en la muestra, lo que genera millones de fragmentos cortos. Al encajar los tramos que se solapan, el equipo reconstruyó secuencias más largas y las comparó con bases de datos de genomas microbianos para identificar qué bacterias había y en qué variantes.

Las cifras que destaca la nota de prensa son llamativas:

• El microbioma de los hadza rondaba las 750 especies bacterianas.
• En los tsimane se identificaron unas 1.400 especies en total.
• En el grupo de California, la cifra se quedaba en torno a 250.
• Hadza y tsimane compartían 1.231 especies, cerca del 90 % de la diversidad encontrada en los tsimane.
• Alrededor del 60 % de esas especies compartidas son raras en las poblaciones industrializadas.

Un reloj genético dentro de las bacterias

Que dos pueblos tan alejados compartan especies ya es curioso, sobre todo porque sus dietas no son iguales. Pero lo más interesante llega al mirar dentro de cada especie. Usando herramientas de genética de poblaciones, el equipo estimó cuándo se separaron los linajes bacterianos de uno y otro grupo. Muchas de esas divergencias se remontan a decenas de miles de años y encajan con los grandes movimientos humanos que llevaron desde África hasta América.

Dicho de otro modo: las bacterias no saltaron recientemente de un continente a otro, sino que ya estaban en los antepasados comunes de ambos pueblos y se fueron diferenciando a medida que esas poblaciones se separaban. Good lo resume así:

«Estas bacterias estaban presentes en los antepasados de ambos grupos y, por tanto, presumiblemente en los antepasados de todos nosotros».

Es el patrón que los biólogos llaman codiversificación: anfitrión y microbio comparten historia evolutiva y sus árboles genealógicos se ramifican de forma parecida.

Lo que el estudio no demuestra

Conviene no estirar las conclusiones. El trabajo establece una asociación entre linajes microbianos antiguos y la historia de las migraciones humanas, reconstruida a partir de estimaciones genéticas que siempre llevan un margen de incertidumbre. Además, se basa en dos poblaciones concretas y un grupo de comparación, así que no representa toda la diversidad humana.

Los autores recuerdan también un contexto conocido: las poblaciones no industrializadas presentan tasas más bajas de enfermedades autoinmunes, diabetes tipo 2 y obesidad. Pero este estudio no prueba que la pérdida de bacterias sea la causa de esas diferencias. Los mecanismos por los que menos diversidad microbiana podría afectar a la salud siguen sin resolverse y quedan para investigaciones futuras.

Lo que sí señalan es que los antibióticos, los alimentos ultraprocesados y la higiene extrema han reducido mucho la diversidad del microbioma en apenas unas generaciones, un instante comparado con las decenas de milenios de convivencia que sugiere el análisis genético.

Por qué importa

Este trabajo cambia la forma de ver el microbioma: no sería un simple añadido que cada persona adquiere a lo largo de su vida, sino una herencia compartida con una historia tan larga como la de nuestra especie. Si muchas de esas bacterias ancestrales se están perdiendo en las sociedades industrializadas, documentarlas ahora en pueblos que aún las conservan puede ser clave para entender qué papel tienen en nuestra salud. Además, abre la puerta a usar los propios microbios como un registro más de cómo poblamos el planeta.